学校现有29个院（系），55个本科专业，27个研究所，6个博士点，77个硕士点，其中，“野生动植物保护与利用”、“职业技术教育学”是目前山东省唯一具有硕士学位授权的学科专业，8个省级重点学科，2个省级重点实验室，设有国家体育总局体育社会科学重点研究基地、教育部曲阜师范大学基础教育课程研究中心、山东省激光偏光工程技术研究中心、山东省儒学研究基地和山东省体育人文社会科学研究基地。
学校聘请著名物理学家，诺贝尔奖获得者丁肇中先生为名誉校长，同时聘有院士2人，特聘教授8人。教职工2430人，专任教师1269人，其中教授199人，副教授242人，国家有突出贡献中青年专家1人，山东省有突出贡献的中青年专家1人，山东省专业技术拔尖人才11人，山东省高校中青年学术骨干学科带头人培养对象40人，享受政府特殊津贴25人。截至2005年9月，有普通本专科生24452人，博士、硕士研究生2049人，成人教育在读生14198人，学科专业涵盖了文、理、工、法等9个门类。
高质量的本科教学一直是学校的优势和特色。近年来，按照“厚基础、宽口径、大专业、小方向”的培养模式，积极深化面向21世纪教学内容和课程体系改革，全面实施素质教育，教育质量稳步提高。在1995年到1997年原省教委组织的全省高校教学工作评估中，学校获得全省本科师范院校第一名的好成绩。2004年，在教育部本科教学工作水平评估中，我校本科教学工作得到了教育部专家的高度肯定，获得优秀成绩。在1996年、1997年全国大学生数学建模竞赛中，连续两年荣获全国一等奖。2000年以来，学校应届本科毕业生考研率一直保持在30%以上，2004年达35.95%，有的专业高达67%以上。近年来毕业生就业率约保持在90%，向来以“作风朴实，业务扎实”而受到社会的广泛好评。
科研工作硕果累累。承担了包括国家“863”计划项目在内的一大批高层次科研项目，在中国古代文学、应用数学、孔子儒学、基础数学、激光偏光技术、运筹学、自动化、物理化学、教育科学、体育科学等学科领域达到了较高的水平。九五以来，承担各级各类科研项目838项，其中省部级以上165项，发表论文8825篇，出版著作421部，取得重要科技成果62项（其中国际水平9项，国内领先39项），获科研奖励255项（其中省部级以上105项），2000年学校在全国高校
学位与研究生教育发展迅速。目前，拥有6个二级学科博士点，7个一级学科硕士点，77个二级学科硕士点，学科专业涵盖哲学、法学、教育学、文学、农学等9个门类，可开展在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位和在职攻读高等学校教师硕士学位工作，拥有1个专业硕士学位（教育硕士）授权专业。近年来，毕业研究生考博率一直保持在40%以上。
继续教育工作走在全国前列。学校拥有全国第二个成人教育硕士点，曾获得两项国家优秀教学成果二等奖，主持一项国家教育科学重点科研项目，在两次教育部成人教育质量评估中均名列全国前6名。
学校建有国内最早的孔子研究专门机构——孔子文化学院，在孔子儒学研究方面形成了自己的特色，承担国家社科规划项目、山东省“九五”重点课题多项，多次举办国内外儒学学术会议，广泛进行学术交流。2000年5月，依托我校的孔子文化学院和山东省儒学研究基地，我校与中国孔子基金会及海外投资者联合创办了中外合作孔子文化大学.
学校办学条件雄厚。两校区共占地2500余亩，校舍建筑面积72.4万余平方米，教学科研仪器设备总值1.37亿元，图书馆藏书261万册。学校公开出版的学术刊物有《齐鲁学刊》、《曲阜师范大学学报（自然科学版）》、《中学数学杂志》和《现代语文》。学校是原国家教委首批公布的200所招收外国留学生的本科院校之一，先后与美、日、韩、法、俄、澳等国的25所国外高校建立了校际友好关系。
